Eine gute und starke Filterung ist in einem Malawi Aquarium besonders wichtig um dem Wasser Sauerstoff zuzuführen und das Wasser mechanisch sowie biologisch zu säubern. Hier sollten ein oder mehrere qualitativ hochwertiger Filter zum Einsatz kommen, um die Schadstoffe aus dem Wasser zu filtern. Ob Innen- oder Außenfilter ist dabei nicht so wichtig, solange der Filter ausreichend groß dimensioniert ist. Der Filter sollte alle ein bis zwei Monate gereinigt werden, damit der Filter seine Leistungsfähigkeit behält. Dabei sollte nicht der gesamte Filter auf einmal vollständig gereinigt werden, sondern jeweils nur eine Filterkammer. So bleiben ausreichend wichtige Bakterien im Filtersystem.
Fortgeschrittene Filterlösungen
Viele schwören auf HMF (Hamburger Mattenfilter) die sehr wartungsfreundlich sind und jahrelang gute Dienste verrichten können. Dabei wird zum Teil die gesamte Aquarien Rückseite hinter der Rückwand genutzt. So entsteht ein Filter mit enormer Filterfläche und einer guten Filterleistung.
Auch ein eigenes Filterbecken wird gerne eingesetzt. Dabei sollte das Filterbecken ein Volumen aufweisen, das in etwa 10% des zu filternen Beckens entspricht. Aber auch hier gilt, je größer das Filterbecken, desto besser.
Wasserwechsel
Ein mal wöchentlich sollte ein Wasserwechsel durchgeführt werden. Die Menge des zu wechselnden Wassers sollte um die 30%, besser noch um die 50% betragen, um die Ausscheidungsprodukte der Fische zu verdünnen. Wird längere Zeit kein Wasserwechsel durchgeführt, kann das zur Anhäufung von schädlichen Gasen wie Kohlendioxid und Ammoniak führen und der Sauerstoffgehalt verringert werden.